Действие игры разворачивается спустя 5 лет после событий Atelier Rorona. Ророна (Rorona), чьи странствия по стране привели её в небольшую деревушку Алания (Alaniya), знакомиться с Тотори (Totori). Та напрашивается к Ророне в ученицы, объясняя это тем, что путешествие с волшебницей — единственная возможность разыскать свою пропавшую маму, о чём она мечтает уже давно. Так начинается новое странствие по Арланду (Arland), и задача игрока в нём — помочь Тотори узнать правду.