Вам необходимо создать своего героя и присоединиться к команде бравлеров, которые должны спасти Землю от злого Спектры и его приспешников из организации Вексос. В отличие от предыдущих игр серии, в которых бои проходили по правилам карточной игры, в этой игре вы получаете полный контроль над своими бакуганами и можете свободно перемещаться по трёхмерным аренам.
Геймплей игры состоит из двух режимов: режима истории и режима битвы. В режиме истории вы следуете сюжету, который не был показан в аниме, и участвуете в различных миссиях. В этих миссиях вы можете использовать своего бакугана для сражения с врагами, разрушения объектов, защиты союзников или сбора предметов. Вы также можете переключаться между своим героем и его бакуганом в любое время.