В первой игре сборника Atelier Mysterious Trilogy Deluxe Pack на Switch вам предстоит познакомиться с юной девушкой по имени Софи - обладательницей Таинственной книги, которая хранит в себе все секреты алхимического превращения. Книга станет наставником девушки в этом нелёгком деле, а Софи в свою очередь приложит все усилия, чтобы раскрыть странную историю происхождения загадочной летописи. Во второй части франшизы вы узнаете о приключениях восторженной Фирис Мистлуд и ее любящей старшей сестры Лианы Мистлуд. Сёстры живут в маленьком городке Эртон, где Фирис изучает алхимию и ищет кристаллы, но теперь девушки готовы к испытаниям, которые приготовил для них огромный мир. Лиди и Сьюэль — сестры-близнецы из третьей части: они тоже алхимики, живущие в Мервейле, столице Королевства Адалет, и они стремятся сделать свою мастерскую лучшей мастерской в королевстве. Помогите девушкам сделать открытие, которое станет заветным ключом к осуществлению мечты!